El miso hatcho no pasteuritzat conté una gran quantitat d’enzims vius que poden destruir-se amb una cocció prolongada. Tanmateix, les propietats nutricionals, així com el sabor del miso, no es veuen alterades en cuinar-lo, i algunes receptes fins i tot suggereixen cuinar-lo per potenciar el gust d’altres ingredients del plat. Per maximitzar els beneficis enzimàtics del miso, trieu una varietat no pasteuritzada (o sopa de miso liofilitzada) i opteu per receptes on s’afegeixi el miso cap al final de la cocció.
Es recomana combinar-lo amb fesols, salses, plats al forn i estofats a foc lent, així com en sopes i guisats de verdures. Pot substituir la sal. Diluir amb líquid de cocció abans de fer-lo servir.